A restauração da independência Portuguesa

Apesar da prosperidade do comércio atlântico, os Portugueses começaram a sentir os efeitos da crise que afectava a Espanha. Com efeito, além dos ataques marítimos e coloniais, os Espanhóis estavam envolvidos na Guerra dos Trinta Anos (1618-1648) contra vários países Europeus.
Os inimigos da Espanha tornaram-se inimigos de Portugal. As possessões do Oriente iam caindo em poder de Ingleses e Holandeses. A ameaça de perder o controlo do tráfego açucareiro alarmou a burguesia Portuguesa. O seu descontentamento veio somar-se á revolta do povo, que não suportava o agravamento dos impostos. Em 1637, estalaram em Évora violentos motins - a chamada revolta do Manuelinho - que logo se propagaram por muitas cidades.
A nobreza não estava descontente. Via com receio não só o desmoronar do Império como o autoritarismo do conde - duque Olivares, ministro de Filipe IV de Espanha.
A notícia de que Portugal iria ser transformado numa província de Espanha e a ordem de mobilização de muitos nobres para irem combater na Catalunha constituíram os rastilhos da revolta.


A revolução de 1640

No dia 1º de Dezembro de 1640, um grupo de nobres tomou o poder em Lisboa e fez aclamar rei de Portugal o duque de Bragança, com o título de D. João IV, restaurando a independência e a monarquia Portuguesas.
A restauração surgiu num momento favorável a Portugal - o auge da guerra dos trinta anos. Foi possível obter o apoio dos inimigos da Espanha: a França e a Inglaterra (embora Portugal tivesse de ceder a este país Bombaim e Tânger). Assim se reorganizou o exército e a defesa, e o que permitiu fazer frente ás tentativas de invasão dos Espanhóis e vencê-los em importantes batalhas, como Linhas de Elvas Ameixial e Montes Claros. A Paz só seria assinalada em 1668.

O império Português em crise

Os portugueses depararam com grandes dificuldades para manter o império e o comércio do Oriente.
Os seus territórios, muito vastos e diversos, estavam constantemente sujeitos aos ataques dos muçulmanos e de outros povos. As viagens pela rota do cabo, devido aos naufrágios frequentes e aos ataques dos corsários, custavam enormes perdas em vidas, navios e mercadorias.
Na segunda metade do séc: XVI, a situação agravou-se.
As rotas do levante voltaram a animar-se e através delas chegavam á Europa toneladas de especiarias que faziam concorrência ás que eram trazidas pelos Portugueses. Por outro lado, Franceses, Ingleses e Holandeses disputavam o monopólio dos mares dos países ibéricos, redobrando os seus ataques contra os territórios portugueses e, em especial, contra os navios provenientes da Índia.
O comércio da rota do Cabo entrou assim numa grave crise.
Cada vez mais aumentavam os custos com a defesa do Ímpério e a reanimação do tráfego do Oriente, o monarca resolveu abri-lo, em 1570, aos particulares. No entanto, esta medida não travou a sua contínua decadência.